2000. gada 5. jūlijā tika pieņemts Viesītes domes lēmums par novadpētniecības muzeja dibināšanu. Muzeja aizsākums bija neliela telpa Viesītes Kultūras pils 3. stāvā.
Ar Paula Stradiņa Medicīnas vēstures muzeja palīdzību paralēli noritēja darbs pie Stradiņu dzimtas izpētes un popularizēšanas Raiņa ielā 14 (t. s. desu mājā). Sākotnēji to vadīja vēsturnieks un novadpētnieks Kārlis Visnoliņš. Ekspozīcija atklāta 1994. gadā, bet slēgta 2012. gada vasarā.
2003. gadā par muzeja mājvietu un laika gaitā par vienu no 3 muzeja nodaļām (tagad Mazā Bānīša parks) kļuva bijusī Viesītes šaursliežu dzelzceļa teritorija A. Brodeles ielā 7. Divām no septiņām vēsturiskajām ēkām – dzelzceļa vagonu remontdarbnīcai un depo lokomotīvju remontdarbnīcai – 2016. gadā piešķīra valsts nozīmes kultūras pieminekļa statusu. 2010. gadā varēja apskatīt gala rezultātu, startējot Latvijas–Lietuvas pārrobežu projektā, kā laikā tika sakārtota daļa no ēkām un labiekārtota teritorija. Šai gadā teritorijā tika atklāts Viesītes Amatniecības centrs.
2010. gada 19. maijā muzejam pievienoja Mārtiņa Buclera fotogrāfijas kabinetu. Piemiņas ekspozīcija tika izveidota jau 1986. gadā, kad pirmo reizi kopā pulcējās Latvijas fotogrāfi, lai atzīmētu Mārtiņa Buclera 120. dzimšanas dienu. Sākotnēji ekspozīcija atradās Saukas arodskolas ēkā, bet pēc skolas likvidēšanas to pārcēla uz Saukas pagasta pārvaldi Lonē. 2020. gada novembrī Mārtiņa Buclera fotogrāfijas kabinets pievienots Paula Stradiņa skolai un tā krājums pārcelts uz Viesīti.
2011. gada 24. augustā Viesītes novada pašvaldība pieņēma lēmumu par bijušās Eķengrāves pagastskolas ēkas nodošanu muzeja apsaimniekošanā. 2012. gada 4. jūlijs uzskatāms par Paula Stradiņa skolas dibināšanas dienu. Skolā mācījies profesors Pauls Stradiņš, tāpēc muzeja nodaļa nosaukta par Paula Stradiņa skolu.
2006. gadā muzejs pirmo reizi akreditēts.
Muzeju veido 2 nodaļas – Mazā Bānīša parks un Paula Stradiņa skola. Ekspozīcijas vēstī par Sēlijas šaursliežu dzelzceļa vēsturi, Sēlijas kultūrvēsturi, Stradiņu dzimtu, medicīnas vēsturi Viesītes apkārtnē, Stenderu dzimtu, amatniecību, Viesītes pilsētas un tuvākās apkārtnes vēsturi un ļaudīm.